Rangkaian sekolah "French Convent" atau Institut Holy Infant Jesus Convent ditubuhkan untuk keperluan pendidikan pelajar miskin di Perancis pada tahun 1662 oleh Father Nicholas Barre. Pada tahun 1851, Father Bouched; Vicar Apostolic meminta Sister-Sister datang berkhidmat di Malaya. Sekolah ini merupakan sekolah perempuan yang pertama di Melaka ditubuh oleh Reverend Mother Mathilde Raclot bersama-sama empat orang mubaligh dari Sister Mission pada tahun 1859.
Mubaligh-mubaligh tersebut bertungkus-lumus dalam keadaan serba kekurangan yakni menggunakan kotak-kotak sebagai kerusi dan meja. Pada tahun 1875 Lady Clarke telah menyumbangkan peralatan sekolah untuk sebuah hospital tentera yang diubahsuai menjadi sekolah di kaki Bkt. St. Paul. Seramai 26 pelajar berdaftar di sekolah itu. Pada tahun 1899, dengan bantuan Father Maxmillan De Souza, mereka berjaya membeli sekeping tanah dan didirikan sebuah sekolah rendah yang terdiri daripada 27 bilik darjah. Pada Ogos 1952, Reverend Mother Martha telah membeli sekepingt tanah seluas 81\2 ekar di hadapan sekolah rendah ini untuk dijadikan tapak sekolah menengah. Pada 23 April 1954, Reverend Mother Martha menjadi Pengetua pertama Sekolah Menengah Kebangsaan Infant Jesus Convent, Melaka.
Bangunan baru ini mengandungi 16 bilik darjah, sebuah dewan, dan tandas pelajar. Pelajar-pelajarnya terdiri daripada darjah 7, 8, dan 9. Pada tahun 1959, 2 buah bilik darjah serta satu blok yang mengandungi sebuah bilik lukisan dan 2 buah makmal sains di tingkat atas dan sebuah bilik masakan dan sebuah bilik jahitan didirikan berhadapan dengan blok yang pertama. Pada tahun 1982 sebuah dewan baru yang serbaguna didirikan dan diubahsuaikan untuk menampung 6 bilik darjah dan sebuah bilik guru pada tahun 1986. Pada tahun 1997, sebuah bengkel kemahiran dan Gazebo didirikan.
NAMA TAHUN
Mother Mathilde
1860 - 1861
Mother Leonard
1861 - 1867
Mother Anselm
1875 1879
Mother Marcinenne
1979 1899
Mother Helen
1899 1905
Mother Marie
1905 1906
Mother Clothilde
1907 1920
Mother John Baptist
1920 1942
Mother Etienne
1942 1946
Mother Martha
1946 1955
Mother Francis Xavier 1955 1957
Mother Pius
1957 1962
Mother Margaret Mary 1962 1972
Sister Anne Wong
1972 1973
Mrs. Cheong Teng Wan 1973 1998
Pn. Rahimah Ghazali April 1998